在日本退学后还能留日本吗？
首先，题主的日语非常流利，这是你留在日本的第一个优势。 你现在的情况是语言学校毕业，在日成绩很差（应该说是没有及格的记录） 这种情况下你直接找公司工作是没有可能的，公司要么要求你日语达到N1以上，要么要求你的学历在日本境内能够查到（即你毕业的学校是在日本注册的正规大学）。
目前来说你有两个选择：
1.回国内重新考个不错的本科，然后申请日本读研（硕士），这种方式一般花费的时间成本和经济成本都比较大。
2.去专门学校学习一项技术（计算机类不错哦！）然后在日本就业。 当然还有第三种方法，不过需要题主付出很大的努力才行——也就是通过某家机构帮你办理特定技能工签或者高级研修生签证，先让你进入日本社会，一边工作一边等身份变更。这个就需要你自己去找找看有没有这样的机构和渠道了~
其次，你说你想读“早稻田大学”“明治大学”之类的名校…… 我想说的是，日本有600多所大学，每个大学的教学特点、定位都是不同的，就像中国的985/211一样。早稻田大学虽然也是帝大之一，但是它的文科非常厉害，而明治大学则是以经济学、法学、商学为最强学科，如果你打算学这些领域的话，明治大学无疑是一个不错的选择。
但是！ 你要明白一点：像早稻田大学、明治大学等学校的留学生入学考试制度，是“选拔少数的优秀者”，相当于中国高考的那批985/211高校。这种制度的本意就是从国外招收有着优异学术背景和成绩的学生，所以像你这种情况想要逆袭上这类学校是非常困难的，我还没有看到有谁能从语言学校出身最后能考入这类学校的例子。但如果你真的想做日本人会认为你很了不起！ （因为我是学建筑的我才敢这么自信地跟你说，其他理工科可能真没这么乐观）